15 мая 1932 г. постановлением Совета народных комиссаров РСФСР в Москве был создан Центральный научно-исследовательский институт методов краеведческой работы, который находился в ведении Народного комиссариата просвещения РСФСР. За несколько дней до начала Великой Отечественной войны Институту были выделены помещения в Москве в Палатах Аверкия Кириллова на Берсеневской набережной. После войны название Института несколько раз менялось.



В 1992 г. Институт был переименован в Российский институт культурологии (РИК). Спектр исследований РИК значительно расширился и охватил всю сферу культуры — от музеев и объектов наследия до кино, телевидения и новых информационных технологий, от краеведения и фольклористики до художественного творчества и культурной жизни населения.

В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 13 апреля 1992 на базе Центрального института повышения квалификации руководящих и творческих работников культуры и Научно-методического совета по охране памятников истории и культуры Министерства культуры и туризма Российской Федерации был образован Институт Наследия.

Его создание было связано с необходимостью научного обеспечения государственной культурной политики и региональных программ по сохранению и использованию национального наследия в соответствии с Конвенцией ЮНЕСКО «Об охране Всемирного культурного и природного наследия». В 1999 году Институту было присвоено имя академика РАН Дмитрия Сергеевича Лихачёва.

23 января 2014 года приказом Министерства культуры Российской Федерации Институт Наследия и Российский институт культурологии (РИК) были объединены. В состав нового Российского научно-исследовательского института культурного и природного наследия имени Д.С. Лихачёва также вошли два филиала РИК: Сибирский, расположенный в Омске (существует с 1993 г.), и Южный, находящийся в Краснодаре (существует с 2012 г.).

В мае 2014 года решением Совета глав правительств Содружества Независимых Государств Институту Наследия был предоставлен статус базовой организации государств - участников Содружества Независимых Государств в сфере сохранения Всемирного наследия.